南京体育学院工会委员会1959年12月成立，1981年6月，成立南京体育学院教育工会，1987年9月恢复处级建制，现任工会主席为王加华，2018年工会取得社团法人资格，法人为王加华。
2001年6月，召开院第一届教职工代表大会暨工会会员代表大会第一次会议；2010年4月17日，召开院第二届教职工代表大会暨工会会员代表大会第一次会议；2016年7月15日，召开院第三届教职工代表大会暨工会会员代表大会第一次会议；2018年—2019年，召开院第三届教职工代表大会暨工会会员代表大会第二次会议、第三次会议。2020年4月15日召开院第四届教职工代表大会第一次会议，4月16日召开院第四届工会会员代表大会第一次会议。选举产生第四届教代会执行委员会、第四届工会委员会，黄步龙当选为教代会执委会主任、王加华当选为教代会执委会副主任、工会委员会主席。选举产生第四届教代会提案工作委员会，陆倩慧当选为主任。选举产生第四届工会经费审查委员会，陶利当选为主任。选举产生第四届女工委员会，王翠芳当选为副主任。选举产生第四届工会福利委员会，丁锴当选主任。