1996年3月，经省体育局、南京体育学院批准，抽出原体育系理论教研室成立中层部门——“基础课部”
2002年7月，基础课部改名为“运动人体科学系”
2009年12月，运动人体科学系更名为“运动健康科学系”
运动人体科学专业教研室
运动康复专业教研室
康复治疗学专业教研室
信息科学教研室
心理健康教研室
实验室
办公室
辅导员办公室
1、专业学科：
1998年9月，率先在我省高等院校中开办运动人体科学专业（体育保健与康复方向）
1999年3月，以“运动人体科学专业”申请，获得学校体育学一级学科硕士学位授予权
2005年11月，“运动人体科学专业”被评为江苏省高等教育特色专业点
2006年3月，“运动人体科学学科”，被评为江苏省“十一五”重点学科
2009年9月，开办“运动康复专业”
2010年6月，“运动人体科学专业”被评为江苏省高等教育品牌专业建设点
2010年7月，“运动人体科学专业”被评为国家高等教育特色专业建设点
2015年6月，“运动人体科学专业”被评为江苏高校品牌专业建设工程
2013年，率先在全国体育院校中开办医学技术类专业——“康复治疗学专业”
2015年，我校获全国首批“运动康复专业”硕士学位授权点
2、实验室：
“运动人体科学实验室”，2004年被评为江苏省高校重点建设实验室，2009年被评为江苏省高校基础课实验示范中心。
“运动训练与康复实验室”，2014年被评为江苏省重点实验室。
“体适能实验教学示范中心”，2016年通过江苏省实验教学示范中心验收。
四、运动健康科学系办学特色（系风）
自1998年开始招收第一届运动人体科学专业学生以来，运动健康科学系始终践行我校“三位一体”（教学、训练、科研）的办学模式，通过十年的探索，于2008年的全国本科教学水平评估中凝练了全系师生的系风——“融学训研、求知信行”。
经过近十年的实践探索，全系师生对系风的共识是：
“融学训研”是理念，“学”为科学、文化、社会等，“训”为竞技训练、体育教育和大众健身，“研”为科学研究与探索，“融学训研”就是把学习、运动、研究三者有机地结合起来，互相促进和提高；
“求知信行”是实践，“知”指的是学习知识的能力和方法，“信”指的是追求目标的信念和动机，“行”指的是学习知识、追求目标的行为和行动，“求知信行”就是明确目标，刻苦学习和创新实践，努力实现人生的理想。
五、践行“系风”的两大重要举措
一是“全员融合教育活动”。即：全系师生在大学生涯全过程中，加强精神沟通，学术交融，文化认同，进一步丰富入学教育、优化师生团队、充实教研内容、增进思想交流等。
二是“学训融合服务活动”。即：全系师生利用深入融合于优秀运动队和社会大众之中，积极开展科学健身服务、科技攻关服务、体能训练服务、康复放松服务、心理咨询服务等。
六、运动健康科学系办学目标和思路
办学目标是使三个专业在同类院校中，保持全省领先、全国前列。
办学思路是以推动体育事业发展、增强人民体质健康为宗旨，秉承“严和朴实”的南体校训，发扬“艰苦创业、乐于奉献、团结拼搏、勇攀高峰”的南体精神，践行“三位一体”的办学模式，彰显“融学训研，求知信行”的系风特色，坚持改革和创新，坚持内涵发展与外向联合同步并举，努力培养思想品德高尚、理论基础扎实、实践能力突出，有创新能力、有社会责任感、具有南体“学训融合”教育特色的体育科学与康复应用型人才。
各专业培养的目标是：
运动人体科学专业培养目标
本专业保持规模稳定与质量稳步提高相得益彰，打造符合“健康中国”的运动科学人才需求，突出南体“学训融合”教育特色的、有教学科研实操特长的应用型专业。
本专业培养综合素养全面发展，具备运动学、人体科学、教育科学等知识和技能，能在科研所、各类学校、健身机构、健康管理公司、体育营销公司等，从事教学、研究、管理、推广工作的专门人才。
运动康复专业培养目标
本专业保持规模适度增长与质量稳步提高相得益彰，打造符合“健康中国”的运动康复人才需求，突出南体“学训融合”教育特色的、有训练技能特长的应用型专业。
本专业培养综合素养全面发展，具备运动学、康复医学、运动医学等知识和技能，能在专业运动俱乐部（队）、健身机构、康复机构、运动管理公司等，从事运动康复、防护、训练、推广工作的专门人才。
本专业保持规模明显增长与质量稳步提高相得益彰，打造符合“健康中国”的康复治疗人才需求，突出南体“学训融合”教育特色的、有运动疗法特长的应用型专业。
本专业培养综合素养全面发展，具备运动学、物理治疗学、作业治疗学等知识和技能，能在医疗单位康复科、残联、福利、养老机构的康复部门、康复器械公司等，从事康复治疗、推广工作的专门人才。
