南京体育学院档案馆（校史馆、中国近代体育陈列馆）的前身是1990年成立的综合档案室，隶属于党办院办。
2023年1月，学校党委研究决定，成立正处级建制的档案馆，校史馆和中国近代体育陈列馆建设职能划归档案馆，同时整合校史档案资源，增加年鉴编撰、校史研究、近代体育史研究、特色档案开发等功能，逐步形成档案种类齐全、组织架构完善、突显办学特色和承载以史育人、立德树人功能的高校档案馆格局。
档案馆现有专职档案工作人员3人，全校各单位、部门兼职档案员50余人。馆舍位于南京体育学院灵谷寺校区图书馆四层及民国中央体育场西司令台牌楼。目前，档案馆总面积为近1000m2，其中包括档案库房3间共计约275m2、办公用房2间、业务操作及数字化加工用房1间、设备用房1间，校史馆和中国近代体育陈列馆2个展馆面积共计约600m2。
馆藏资源及信息化建设
档案馆现有馆藏资源1.2万余卷，各类实物154件、字画百余幅，涵盖党群、行政、教学、训练、科研、基建、设备、外事、出版、财会、声像、实物、人物及资料等共14个门类。馆藏档案始于1930年，包括民国中央体育场部分图纸、国民革命军遗族学校部分图纸、南京体育学校、南京体育学院建校及复校等不同历史时期的档案。
为提高档案管理水平与服务质量，档案馆自2008年配备了“南大之星”网络版档案管理系统，实现了文书、声像、实物等档案的网络化管理。2016年将OA系统与档案管理系统对接，实现了电子公文的自动实时归档。2019—2021年先后开展3次存量档案数字化外包业务，完成60%馆藏档案的数字化工作，并逐步向各归档部门开放。
档案保管与服务
档案馆基本设施完备，配备密集架、防磁柜、复印机、扫描仪、防虫樟木、二氧化碳灭火器、视频监控系统、恒温恒湿智能控制系统等，符合“八防”要求。纸质档案全部使用无酸纸盒，声像档案使用移动硬盘存储，实物档案划分了专门的存放排架。档案上架遵循库房档案排列规则，根据密集架上的索引进行，确保档案排列整齐有序、规范合理、便于查找。档案库房由工作人员每日巡查并记录，以确保安全。
档案馆始终秉持“为党管档、为校守史、为师生服务”的理念，积极主动为学校各项事业发展、为广大师生员工提供高效、便捷的档案利用服务。目前，档案馆已启用线上查档服务，极大地提高了档案利用服务的效率。近年来，档案的年查档量约为700人次、2000卷次。通过档案的利用服务工作，为学校管理、财务审计、人事档案审查、科学研究、校史编研等提供了大量的依据与凭证。
校史和近代体育史编研
档案馆作为学校各类重要信息资源的收集、保管和利用服务部门，承载着校史研究与开发、校园文化传播的重要职责和使命，档案工作人员先后多次参与校史编纂、校园文化宣传工作。2006年，参与编印《历程与辉煌——南京体育学院建设与发展50年》，2016年，参与编印《传承发展辉煌1956—2016》，2019—2021年，参与编撰首次出版的《南京体育学院校史（1956-2021）》。先后完成《南京体育学院大事记（2000-2021）》《南京体育学院组织机构沿革（1953-2021）》《南京体育学院毕业生名册（2000-2012）》《南京体育学院劳模汇编册（1982—2011）》《星光灿烂 战绩辉煌—江苏省百名世界冠军档案》和《南京体育学院高校基层统计报表汇编册（1980年-2012年）》等资料汇编。
2021年学校建成校史馆，2023年，校史馆划归档案馆，并常态化开放。档案馆积极开展展板内容更新、展馆升级改造、内容讲解服务等工作；利用每年国际档案日，开展特色校史档案专题展览；积极承担学校校史溯源等重要工作任务。
档案馆积极投身于中国近代体育史研究。自2014年以来，共收藏解放前出版发行的体育类珍贵画刊、图书1000余册，仿制重要资料200余册，较为全面地展示近代中国竞技体育、体育教育、体育文化传播等事业发展状况。2016年依托民国中央体育场体育建筑群，开发建成线上虚拟主题博物馆。2021年建成中国近代体育陈列馆，主要介绍中央体育场建设历史，设计师杨廷宝先生事迹，近代中国举办或参加的全国运动大会、远东运动会、奥林匹克运动会等大型体育赛事的史实。
我校档案工作获得的荣誉有：
2013年获得省档案局评选的三星级管理单位
2015年获得省高校档案工作先进集体